UISegmentControlは，二つボタンのときにトグル動作をしてしまうので，それを抑えるために，[iPhone SDK] UISegmentControllのtoggle動作を止める で紹介した，Undocumented APIを含むコードを使っていました．
しかし，遂に，審査を突破できなくなりました．Undocumentedなメンバ変数にアクセスしていることを指摘されました．

_UISegmentedControl._segmentedControlFlags

アップルからの通達は次回アップデートまでに直してくださいとのことで，今回の審査は見逃してくれました．
@Psychsさんにアドバイスをもらったのですが，3.1.X？では，UISegmentedControlはトグル動作しないように修正されているようです．つまり，このUndocumented APIを含むコードは，不要となっていたわけです．
ここからは予想ですが，もしかすると，トグル動作してしまうUISegmentedControlのことをアップルも問題だと考えていて，直すまでは・・・・とか，人間的な感じで対応してくれていたのかもしれません．