私は激しくSQLiteを誤解していました．その誤解を並べてみました．
１．INSERTは遅くない
INSERTクエリは，トランザクションでまとめる．トランザクションとは，一旦，他からの処理をロックして，まとめて登録するような感じの処理らしい．
多くのデータをINSERTするときは，

sqlite3_exec( database, "BEGIN", NULL, NULL, NULL );
for(){
insert----
}
sqlite3_exec( database, "COMMIT", NULL, NULL, NULL );

とする．
２．VACUUMして，メモリを効率よく使う
SQLiteは，削除した項目が残る．定期的にVACUUMをして，残ったゴミを掃除する．
iPhoneでは，使えるメモリが少ないので，これはかなりクリティカルな問題となる．
ただし，経験的にVACUUMはゴミが多くなると，処理に時間が掛かる．VACUUMは，自動的に実行することも出来るが，これは，完全にゴミを掃除するわけではないらしい．

sqlite3_exec( database, "PRAGMA auto_vacuum=1", NULL, NULL, NULL );

３．UPDATEを速くする（経験的に）
これ，やり方が間違っているかも知れません．また，SQLでは一般的に間違っているか，常識かも知れない．excuseはこんなところにして．UPDATEするくらいなら，まとめて新しいデータを全部INSERTして，古いデータをDELETEした方が速かった．
流れとしては，SELECTでデータをフェッチ→データを更新→更新したデータをINSERT→フェッチしてきたデータをフラグかなんかで一括DELETE．
まぁ，使えない状態の方が多そうですが．