MySQLにバイナリデータを保存したいときは，BLOB型をレコードに使う．
テキスト型？として扱われるため，保存したいバイナリデータは，文字列としてそのままinsert文に入れてしまう．
ただし，バイナリは，文字列としてクエリにそのまま投げてしまう．（これっていいのかなぁ・・．）
このため，バイト文字としてエスケープしないといけないものがある．
MySQL :: MySQL 5.1 リファレンスマニュアル :: 8.1.1 文字列
私はRubyで作ったので，サクっとエスケープするスクリプトを作った．Ruby/MySQLとか，色々言語によってやりかたはあるでしょう．

f = File::open( "hoge.jpg", "rb" )
bin = f.read
escapeStr( bin )
queryStr = "insert into table vales( \"bin\" )"
dbh.query( queryStr )

こんな感じでしょうか．