あ〜，最近aptとかportsばっか使ってるから，久々にmecabのインスコでバカハマり．
もう一回悩みたくないので，モメする．
文字コードと，libiconvが・・・・・．いかが正解．

mecabのconfigure
./configure --with-charset=utf-8 LIBS=-liconv

ついでに

ipadicのconfigure
./configure --with-charset=utf-8

これで，cygwinでもいけました．
また，rubyバインドも動きました．
以下，バージョン情報
・mecab-0.96
・ipadic
・mecab-ruby-0.96